Primero que todo, tu archivo ctb ( espesores y colores de plumas )debe estar asignado en colores ( use object color ).Y el fondo negro, se detrmina en las propiedades de impresion, dependiendo del sofware que utilizas para trazar a pdf.
Considera como base, que "pasar a pdf", no es mas que un sofware de impresion, que en vez de hacerlo a papel, lo hace a un archivo pdf, por lo tanto, lo que quieras pasar a pdf, ya sea en colores, escala de grises o lo que sea, deberas hacerlo como cualquier impresion ordinaria.
Saludos