Hombre, está claro que no has hecho lo que debías que es dar las órdenes por escrito con firma de enterado en el libro de órdenes.
Suelo enviar "instrucciones de obra" por cualquier medio que permita verificar que el destinatario lo ha recibido (burofax, correo electrónico con acuse de recibo, correo certificado con acuse de recibo, lo adjunto al libro de órdenes en la siguiente visita de obra,...). Suelo poner una coletilla en la que se indique claramente que "la ausencia de respuesta a esta comunicación se entenderá como una conformidad a todo lo expuesto en la presente instrucción técnica. Cualquier duda, desacuerdo, aclaración o rectificación deberá ser comunicada de forma fehaciente al redactor de este documento".
Si en tu caso, ya no hay posibilidad de poder "completar" el libro de órdenes y de que lo firme el contratista, creo que sólo queda la opción de los testigos: si diste órdenes verbales procura recordar en que fecha fueron y quién estaba delante, o eso o la grabadora, pero esa ya es como el colmo de la desconfianza. Pero en principio no veo muchas soluciones.
Saludos.